Населённый пункт был основан уральским казаком Матвеем Зоркальцевым в конце XVII века, приехавшим из села Спасского (ныне — Коларово), по реке отправился на северо-запад от Томска, где и основал село названное в его честь. Здесь оседает и переходит в сословие государственных крестьян.
Первые сведения о селе Зоркальцево встречаются в книге немецкого историка Герхарда Фридриха Миллера (в октябре 1734 года он проезжал через село как участник Сибирской экспедиции) «Описание Томского уезда Тобольской провинции Сибири» в списке большинства русских деревень, относящихся к Томскому уезду, где записано следующее:
… Непосредственно к городу относящаяся. Поросский стан, на западной стороне реки Томи деревня Зоркальцево [Зоркольцова], на восточном берегу, в 2 верстах от деревни Медведково …
В 1740 году немецкий историк Герхарда Фридриха Миллера писал о селе в «Путешествии по воде вниз по Томи и Оби от Томска до Нарыма. 1740 год» следующее:
… 25 мая отплыли во второй половине дня в 5 часов. Ночью с 25 на 26 мая. Дер. Зоркальцева, в 1 версте от деревни Бубенного …
В старину через село проходил Нарымский тракт и бытует легенда, что именно в нём останавливался на ночлег прадед Пушкина арап Петра Великого — Абрам Петрович Ганнибал, когда его отправили в ссылку в Иркутск.
В 1821 году был построен храм (Богородице-Одигитриевская церковь), и дом священника, которые, соединяются между собой подземным ходом. Существует легенда, что в нём отступающая в этих местах армия адмирала Колчака спрятала золото.
В 1859 году казённое село Зоркальцево находилось при реке Порос на 4 участке тракта. В селе насчитывалось 32 двора.
Во второй половине XIX века Томская губерния втягивается в орбиту капиталистического развития. В Томске строятся предприятия, судоходство на Томи и Оби, растёт число лавок, кипит торговля. Село Зоркальцево, удобно расположенное недалеко от Томска (12 вёрст), привлекает внимание томских купцов.
В 1869 году купец II гильдии Вытнов Василий Никифорович построил здесь винокуренный завод Петровский № 3 (в 1894 году его переоборудовал). Горный инженер по профессии, он создал торговый дом «В. Вытнов с сыном Петром». Производительность Зоркальцевского завода была 180 683 ведра спирта в год.
В 1878 году село крестьян входило в Нелюбинскую волость в 12 верстах от Нелюбино. В селе насчитывалось 8 дворов, 30 отдельных жилищных изб: 38 жилищных строений. Имелись в селе:
В 1885 году насчитывалось в селе 35 дворов.
В 1886 году купец I гильдии Валгусов С.С. построил мукомольную мельницу на реке Порос, там, где находится современный мост, остатки её существуют до сих пор.
2 февраля 1890 года по инициативе и деньги купца Валгусова Семёна была открыта одноклассная церковно-приходская школа. Здание школы было деревянным, вмещало до тысячи детей. Купец Валгусов завещал школе проценты с капитала в 1000 рублей, которые лежали на счете в банке. В 1890 году в школе обучалось 45 крестьянских детей, обучение было бесплатным.
В 1893 году уже насчитывалось 46 крестьянских двора и 2 некрестьянских. В селе имелись:
На 1899 год в селе было 37 крестьянских двора и 7 некрестьянских. В селе насчитывалось удобной земли 4693 десятины, неудобной земли 298 десятин. В селе числились следующие заведения:
В 1911 году в селе уже числилось 64 двора. Во владении селения состояло 4991 десятина земли. В селе находились:
В 1918 году были национализированы: спиртзавод Вытнова П. В., мельница Валгусова, они стали государственными предприятиями.
В период НЭПа 1921—1929 года в селе существовали 2 типа коллективных хозяйств: коммуна и ТООЗ.
В годы коллективизации в 1930 году в Зоркальцево возник колхоз «Завет Ильича».
Сегодня в селе имеются улицы: Кедровая, Комсомольская, Лесная, Мира, Молодёжная, Октябрьская, Рабочая, Советская, Совхозная, Трактовая. Переулки: Клубный, Подгорный.
В селе имеются: